Doktryna Kościoła nie odbiega w sposób zasadniczy od rzymskokatolickiej podobnie jak liturgia. Wyjątek stanowi nie uznawanie dogmatu o nieomylności papieża w sprawach wiary i moralności. Kościół nie uznaje wyłączności spowiedzi usznej i praktyki obowiązkowego celibatu duchownych. Kościół uznaje Papieża, jako pierwszego i najgodniejszego ze wszystkich biskupów katolickich. Narodowy Kościół Katolicki dąży do pełnej jedności z Kościołem Katolickim.
Do Kościoła mogą należeć wszyscy ochrzczeni w nim lub innym Kościele chrześcijańskim, przyjmujący zasady wiary Kościoła. Wszystkich wiernych dotyczą też zadania Kościoła, gdyż istnieje powszechna odpowiedzialność za Kościół.
Wszystkie władze w Kościele pochodzą z wyboru. Reprezentowane są one przez duchownych – biskupi, kapłani, diakoni, zwłaszcza w sferze udzielania sakramentów i oficjalnego nauczania. Oprócz tego istnieje odrębne powołanie zakonne do duchowego życia doskonalszego. Następnie zasadniczą rolę we władzach Kościoła mają świeccy (z udziałem duchownych) w formie władz i organów kolegialnych – Synod Generalny, Rada Synodalna Kościoła, Synod Diecezjalny, Zwyczajne i Nadzwyczajne Zgromadzenia Parafialne, Rady Parafialne.
Kościół nie ustanawia nowych dogmatów i nie wydaje nieomylnych orzeczeń. Nieomylnym jest tylko Bóg, natomiast człowiek, tak jeden, jak i wielu może się mylić. Uchwały i wskazania soborów powszechnych (ekumenicznych) pierwszego Tysiąclecia Kościół przyjmuje, podobnie jak i orzeczenia własnych Synodów.